Anaerob fermentering er en moderne forarbejdningsmetode, hvor kaffebær gærer i lufttætte beholdere uden tilstedeværelse af ilt. Denne kontrollerede proces gør det muligt for producenter at styre smagsudviklingen meget præcist. Under fermenteringen omdanner naturlige gær- og bakteriekulturer sukkerstoffer til syrer og aromastoffer, hvilket kan skabe intense, frugtige og komplekse profiler. Metoden kræver stor viden og konstant overvågning af temperatur, pH og tryk for at undgå defekter. Anaerob kaffe forbindes ofte med eksperimentel eller “nybølge”-kaffe, særligt fra Colombia og Costa Rica. Resultatet er typisk en vinøs, aromatisk kop med markant sødme og tropiske noter – meget forskellig fra traditionelt vasket kaffe.